ペンサコーラは、主要な州間道路Interstateの各線と結ばれています。また空路では、ペンサコーラ地方空港Pensacola Regional Airportに到着します。USエアウェイズ、デルタ航空、ノースウェスト航空、コンチネンタル航空、コムエアーComAir、アメリカン航空、エアトランAirTranなどの運航する一日40便が、主要都市とペンサコーラを結んでいます。
ペンサコーラのベイエリアまでは、デルタ・クイーンDelta Queen号で行くこともできます（2005年12月就航予定）、クリッパー・シティ・トール・シップClipper City Tall Shipも2005年11月の就航を予定しています。市内では、グランパウー・エクスカーション号GrampaWoo Excursionsも運航しています。
アムトラックAmtrak鉄道トランスコンチネンタル、サンセット・リミテッドSunset Limited号もペンサコーラに発着します。
レンタカーは、Alamo、Hertz、 Avis、 Enterprise、 Dollar、 Nationalなど各社が利用できます。タクシーはターミナルからペンサコーラ・ビーチまでおよそ22ドル、ダウンタウンまでは11ドル、ガルフ・ブリーズGulf Breezeまでは17ドルです。